UFABC-professores

Danilo Trabuco do Amaral

Bacharel em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de São Carlos - Sorocaba/ FSCar (2009) e Bacharel em Sistemas de Informação também pela UFSCar (2017). Doutor em Ciências com ênfase em Biologia Molecular e Bioquímica (2014), pelo Programa de Genética Evolutiva e Biologia Molecular (PPGGEV) da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar); foi pesquisador visitante no Instituto de Tecnologias e Ciências Avançadas (AIST), Tsukuba-JP (2013) e Sapporo-JP (2018), e na Vanderbilt University, Nashville-EUA (2016). Foi pós-doutorando no Laboratório de Bioquímica e Biotecnologia de Sistemas Bioluminescentes (UFSCar-Sorocaba), pós-doutorando no Instituto Oceanográfico na Universidade de São Paulo (IO-USP), pós-doutorando pelo Programa de Biologia Comparada (USP) no Laboratório de Diversidade Genética e Evolução (LAGEVOL-UFScar). Atualmente, é Professor Adjunto junto à Universidade Federal do ABC (UFABC). Faz parte do corpo docente nos Programas de Pós-Graduação em Biotecnociências, Biossistemas e Engenharia Biomédica na UFABC. É coordenador do Curso de Bacharelado em Biotecnologia. Apresenta experiência na área de bioinformática, biologia molecular, biotecnologia e bioquímica. E-mail para contato: danilo.trabuco@ufabc.edu.br/danilo.trabuco@gmail.com (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/1962677068147121 (10/05/2026)

Rótulo/Grupo: CCNH

Bolsa CNPq:

Período de análise: 2022-HOJE

Endereço: Universidade Federal do ABC, Centro de Ciências Naturais e Humanas. Avenida dos Estados Santa Terezinha 09210580 - Santo André, SP - Brasil Telefone: (11) 33567382

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biotecnologia

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (33)
1. KEMPNER, AFONSO ; CASTROSOUZA, RODRIGO ; MOI, DIEISON ANDRÉ ; DO AMARAL, DANILO TRABUCO ; COLLEVATTI, ROSANE GARCIA ; GOUVEIA, SIDNEY F. ; BONATELLI, ISABEL A. S. ; SOBRALSOUZA, THADEU. Historical Temperature Stability and Environmental Drivers Shape Patterns of Phylogenetic Diversity in Cactaceae. JOURNAL OF BIOGEOGRAPHY. v. 53, p. 1-1, issn: 0305-0270, 2026.[doi]
2. CARDOSO, M. I. O. ; OLIVEIRA, J. ; BASSANEZE, V. ; AMARAL, D. T.. Discovery of Triacylglycerol-Binding Proteins in DC. Through Integrative In Silico Methods. Journal of Chemistry. v. 2026, p. 1-1, issn: 2090-9063, 2026.[doi]
3. Amaral, Danilo T.; CASTRO, RODRIGO O. ; FENTANES-MACHADO, JOÃO ROBERTO ; MUNIZ, LARA C. ; BONATELLI, ISABEL A.S.. Bioluminescent diversity and ecotourism potential in the Juréia-Itatins Ecological Station, integrating conservation and sustainable development. JOURNAL FOR NATURE CONSERVATION. v. 91, p. 127247-x, issn: 1617-1381, 2026.[doi]
4. MINHÓS-YANO, ISIS ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; MORAES, EVANDRO MARSOLA ; ZAPPI, DANIELA CRISTINA ; PAUL TAYLOR, NIGEL ; FRANCO, FERNANDO FARIA. Characterization of Macro and Micronutrients Associated With the Root Zone of Cactaceae Species From Xerophytic Forests. JOURNAL OF SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION. v. x, p. x-x, issn: 0718-9508, 2026.[doi]
5. Amaral, Danilo T.; OLIVEIRA, JOÃO VICTOR M. ; MORAES, EVANDRO M. ; ZAPPI, DANIELA C. ; TAYLOR, NIGEL P. ; FRANCO, FERNANDO F.. The potential distribution of Cereus (Cactaceae) species in scenarios of climate crises. JOURNAL OF ARID ENVIRONMENTS. v. 226, p. 105285-1, issn: 0140-1963, 2025.[doi]
6. PRADO-SOUZA, LAURA FRANCISCA LEITE DO ; FERRAZ, LETÍCIA SILVA ; CITRANGULO TORTELLI, THARCÍSIO ; RIBEIRO, CÉSAR AUGUSTO JOÃO ; AMARAL, DANILO TRABUCO DO ; ARRUDA, DENISE COSTA ; OLIVEIRA, ÉRICA APARECIDA DE ; CHAMMAS, ROGER ; MARIA-ENGLER, SILVYA STUCHI ; RODRIGUES, TIAGO. Exploiting Paradoxical Activation of Oncogenic MAPK Signaling by Targeting Mitochondria to Sensitize NRAS Mutant-Melanoma to Vemurafenib. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 26, p. 2675, issn: 1422-0067, 2025.[doi]
7. DUCHATELET, LAURENT ; GALEAZZO, GABRIELA A. ; COUBRIS, CONSTANCE ; BRIDOUX, LAURE ; REZSOHAZY, RENÉ ; MELO, MARCELO R. S. ; MAREK, MILAN ; Amaral, Danilo T. ; DUPONT, SAM ; GARBUGLIO DE OLIVEIRA, ANDERSON ; DELROISSE, JÉRÔME. Insights into the bioluminescence systems of three sea pens (Cnidaria: Anthozoa): from de novo transcriptome analyses to biochemical assays. Open Biology. v. 15, p. 240262, issn: 2046-2441, 2025.[doi]
8. TEODORO, JOÃO A. ; SENRA, MARCUS V. X. ; Amaral, Danilo T.. In silico bioprospecting of the Neotropical Plant Mandacaru (Cereus) for antimicrobial properties. Probiotics and Antimicrobial Proteins. v. X, p. 1-14, issn: 1867-1306, 2025.[doi]
9. DA SILVA, LUANA M D ; BONATELLI, ISABEL A S ; AMARAL, DANILO T ; FRANCO, FERNANDO F ; MORAES, EVANDRO M. Hidden barriers and phylogeographical divergence in the central Cerrado: a comparative and predictive analysis. BIOLOGICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY. v. 145, p. blaf027, issn: 0024-4066, 2025.[doi]
10. VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; TEODORO, JOÃO ALFREDO ; IARUSSI, EMMANUEL ; RODRIGUES, TIAGO ; AMARAL, DANILO TRABUCO. Enhancing and advancements in deep learning for melanoma detection: A comprehensive review. COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE. v. 194, p. 110533, issn: 0010-4825, 2025.[doi]
11. VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; SILVA, JAQUELINE RODRIGUES ; Viviani, Vadim R. ; AMARAL, DANILO TRABUCO. Decoding bioluminescence in Keroplatinae: computational insights from inverse virtual screening and the transcriptome of Orfelia fultoni. PHOTOCHEMICAL & PHOTOBIOLOGICAL SCIENCES. v. X, p. 1, issn: 1474-905X, 2025.[doi]
12. Amaral, Danilo T.; TRIER, CASSANDRA ; COPETTI, DARIO ; FRANCO, FERNANDO F. ; MORAES, EVANDRO M.. Chromosome-level genome assembly of the iconic South American mandacaru cactus (Cereus jamacaru DC, Tribe Cereeae, Cactaceae). PLANTA. v. 262, p. 1, issn: 0032-0935, 2025.[doi]
13. SILVA, JAQUELINE R. ; PELENTIR, GABRIEL F. ; Amaral, Danilo T. ; STEVANI, CASSIUS ; Viviani, Vadim R.. Transcriptomic, proteomic and biochemical comparison of luminescent and non-luminescent Keroplatinae larvae (Diptera: Keroplatidae). INSECT MOLECULAR BIOLOGY. v. X, p. 1, issn: 0962-1075, 2025.[doi]
14. TEODORO, J. A. ; SOUZA, M. B. ; MATSUDO, M. C. ; AMARAL, D. T.. In silico exploration of heavy metal bioremediation using Cereus jamacaru D.C. proteins. International Journal of Environmental Science and Technology. v. X, p. 1, issn: 1735-1472, 2025.[doi]
15. Amaral, Danilo T.; FENTANES'MACHADO, JOÃO ROBERTO ; BONATELLI, ISABEL A. S.. Genomic Data Are Not Commodities: Advocating for Collective Responsibility in Open Science. JOURNAL OF BIOGEOGRAPHY. v. X, p. 1-10, issn: 0305-0270, 2025.[doi]
16. AMARAL, DANILO TRABUCO; BONATELLI, ISABEL A S ; MORAES, EVANDRO M ; ZAPPI, DANIELA CRISTINA ; TAYLOR, NIGEL ; FRANCO, FERNANDO F. Differential gene expression in wild and cultivated cacti reveals diverse metabolic pathways for stressful environments. ANNALS OF BOTANY. v. x, p. 1, issn: 0305-7364, 2025.[doi]
17. DA FONSECA JUNIOR, ALDCEJAM MARTINS ; ISPADA, JESSICA ; DE LIMA, CAMILA BRUNA ; DO AMARAL, DANILO TRABUCO ; ROSS, PABLO JUAN ; KADARMIDEEN, HAJA N ; MILAZZOTTO, MARCELLA PECORA. Multiomics integration uncovers metabolic control of H3K27ac in bovine inner cell masses. BIOLOGY OF REPRODUCTION. v. x, p. x-x, issn: 0006-3363, 2025.[doi]
18. VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; OLIVEIRA, JÚLIA ; CARDOSO, MARIA IZADORA OLIVEIRA ; TEODORO, JOÃO ALFREDO ; Amaral, Danilo T.. BioProtIS: Streamlining protein-ligand interaction pipeline for analysis in genomic and transcriptomic exploration. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. v. 1, p. 108721, issn: 1093-3263, 2024.[doi]
19. FRANCO, FERNANDO FARIA ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; BONATELLI, ISABEL A. S. ; MEEK, JARED B. ; MORAES, EVANDRO MARSOLA ; ZAPPI, DANIELA CRISTINA ; TAYLOR, NIGEL PAUL ; EATON, DEREN A. R.. A historical stepping-stone path for an island-colonizing cactus across a submerged -bridge- archipelago. HEREDITY. v. 1, p. 1, issn: 0018-067X, 2024.[doi]
20. Amaral, Danilo T.; KAPLAN, RACHEL A. ; TAKISHITA, THAÍS KAORI ENOKI ; DE SOUZA, DANIEL R. ; OLIVEIRA, ANDERSON G. ; ROSA, SIMONE POLICENA. Glowing wonders: exploring the diversity and ecological significance of bioluminescent organisms in Brazil. PHOTOCHEMICAL & PHOTOBIOLOGICAL SCIENCES. v. 1, p. 1, issn: 1474-905X, 2024.[doi]
21. Amaral, Danilo T.; BONATELLI, ISABEL A. S. ; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE ; TELHE, MILENA C. ; MORAES, EVANDRO M. ; ZAPPI, DANIELA CRISTINA ; TAYLOR, NIGEL PAUL ; FRANCO, FERNANDO F.. Comparative transcriptome analysis reveals lineage- and environment-specific adaptations in cacti from the Brazilian Atlantic Forest. PLANTA. v. 260, p. 4, issn: 0032-0935, 2024.[doi]
22. DE LIMA, CAMILA BRUNA ; DO AMARAL, DANILO TRABUCO ; ISPADA, JÉSSICA ; DOS SANTOS, ÉRIKA CRISTINA ; FONTES, PATRÍCIA KUBO ; NOGUEIRA, MARCELO FÁBIO GOUVEIA ; MILAZZOTTO, MARCELLA PECORA. Dynamics of transcription is affected by oxygen tension and developmental speed during in vitro production of bovine embryos. REPRODUCTION IN DOMESTIC ANIMALS. v. 59, p. 1, issn: 0936-6768, 2024.[doi]
23. AMARAL, DANILO TRABUCO. Exploring Aquaporin Diversity in Elateroidea: Insights From RNA-Seq Data Sets. ARCHIVES OF INSECT BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY. v. 117, p. 1, issn: 0739-4462, 2024.[doi]
24. VITOR, LUCAS ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; CORRÊA, DANIELE BUSSIOLI ALVES ; FERREIRA-TONIN, MARIANA ; LUCON, EMANUEL TORRES ; APPY, MARIANA PEREIRA ; TOMASETO, ALEX AUGUSTO ; DESTÉFANO, SUZETE APARECIDA LANZA. Streptomyces hilarionis sp. nov. and Streptomyces hayashii sp. nov., two new strains associated with potato scab in Brazil. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. v. 73, p. 5916, issn: 1466-5026, 2023.[doi]
25. BONATELLI, I.A.S. ; FRANCO, F. F. ; AMARAL, D.T.. Barren lives: biodiversity and diversification in arid regions. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 11, p. 1-2, issn: 2296-701X, 2023.[doi]
26. FRANCO, RAFAEL A. L. ; BRENNER, GABRIEL ; ZOCCA, VITÓRIA F. B. ; DE PAIVA, GABRIELA B. ; LIMA, RAYANE N. ; RECH, ELIBIO L. ; Amaral, Danilo T. ; LINS, MILCA R. C. R. ; PEDROLLI, DANIELLE B.. Signal Amplification for Cell-Free Biosensors, an Analog-to-Digital Converter. ACS Synthetic Biology. v. 1, p. 1, issn: 2161-5063, 2023.[doi]
27. Amaral, Danilo T.; BONATELLI, ISABEL A. S.. Opsin diversity and evolution in the superfamily: Insights from transcriptome data. INSECT MOLECULAR BIOLOGY. v. 1, p. 1, issn: 0962-1075, 2023.[doi]
28. FRANCISCONI, ANA FLÁVIA ; MARROQUÍN, JONATHAN ANDRE MORALES ; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO ; VAN DEN BERG, CÁSSIO ; MARTINS, KAUANNE KAROLLINE MORENO ; COSTA, MARCONES FERREIRA ; PICANÇO-RODRIGUES, DORIANE ; DE ALENCAR, LUCIANO DELMODES ; ZANELLO, CESAR AUGUSTO ; COLOMBO, CARLOS AUGUSTO ; HERNÁNDEZ, BRENDA GABRIELA DÍAZ ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; LOPES, MARIA TERESA GOMES ; VEASEY, ELIZABETH ANN ; ZUCCHI, MARIA IMACULADA. Complete chloroplast genomes of six neotropical palm species, structural comparison, and evolutionary dynamic patterns. Scientific Reports. v. 13, p. 20635, issn: 2045-2322, 2023.[doi]
29. FRANCO, FERNANDO FARIA ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; BONATELLI, ISABEL A. S. ; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE ; TELHE, MILENA CARDOSO ; MORAES, EVANDRO MARSOLA. Evolutionary Genetics of Cacti: Research Biases, Advances and Prospects. Genes. v. 13, p. 452, issn: 2073-4425, 2022.[doi]
30. ROMEIRO-BRITO, MONIQUE ; TELHE, MILENA CARDOSO ; AMARAL, DANILO TRABUCO ; FRANCO, FERNANDO FARIA ; MORAES, EVANDRO MARSOLA. A target Capture Probe Set Useful for Deep- and Shallow-Level Phylogenetic Studies in Cactaceae. Genes. v. 13, p. 707, issn: 2073-4425, 2022.[doi]
31. AMARAL, DANILO TRABUCO; BONATELLI, ISABEL A.S. ; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE ; MORAES, EVANDRO MARSOLA ; FRANCO, FERNANDO FARIA. Spatial patterns of evolutionary diversity in Cactaceae show low ecological representation within protected areas. BIOLOGICAL CONSERVATION. v. 273, p. 109677, issn: 0006-3207, 2022.[doi]
32. TRABUCO AMARAL, DANILO; MITANI, YASUO ; APARECIDA SILVA BONATELLI, ISABEL ; CERRI, RICARDO ; OHMIYA, YOSHIHIRO ; VIVIANI, VADIM. Genome analysis of Phrixothrix hirtus (Phengodidae) railroad worm shows the expansion of odorant-binding gene families and positive selection on morphogenesis and sex determination genes. GENE. v. x, p. 146917, issn: 0378-1119, 2022.[doi]
33. MOREIRA, A. C. ; AMARAL, D. T. ; Gabriel, G. V. M. ; VIVIANI, V. R.. Cloning and molecular properties of a novel luciferase from the Brazilian Bicellonycha lividipennis (Lampyridae: Photurinae) firefly: comparison with other firefly luciferases. PHOTOCHEMICAL SCIENCES (ONLINE). v. 21, p. 1559-1571, issn: 1474-9092, 2022.[doi]
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. AMARAL, D.T.; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE ; BONATELLI, I.A.S.. Bioluminescence Methods and Protocols, Volume 2. 4 ed. New York: Springer, 2022. v. XV, p. 427.
Capítulos de livros publicados (0)
Textos em jornais de notícias/revistas (1)
1. VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; OLIVEIRA, JÚLIA ; CARDOSO, MARIA IZADORA OLIVEIRA ; TEODORO, JOÃO ALFREDO ; AMARAL, D.T.. BioProtIS: Facilitando a Análise de Interações entre Proteínas e Ligantes. Revista Eletrônica PesquisABC, .
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (0)
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (6)
1. AMARAL, D.T. ?Bioinformática aplicada à bioprospecção vegetal: pipelines para identificar proteínas de Cereus com potencial de biorremediação e biopesticida?. 2025. Apresentação de Trabalho/Seminário
2. AMARAL, DT. 'Bioinformática, Genômica e Transcriptômica: Ferramentas Essenciais para Inovações em Biotecnologia'. 2024. Apresentação de Trabalho/Simpósio
3. AMARAL, DT. ?Challenges in multi- omics data integration?. 2024. Apresentação de Trabalho/Outra
4. AMARAL, DT. 'Investigating Mechanisms of Osmoregulation in Elateroidea Using RNA-Seq Datasets'. 2024. Apresentação de Trabalho/Congresso
5. AMARAL, DT. Unveiling the Richness and Ecological Significance of Bioluminescent Lifeforms in Brazil. 2024. Apresentação de Trabalho/Congresso
6. AMARAL, DT; FRANCO, F. F.. Abiotic Changes and Natural Selection Drive Genomic Differentiation and Rapid Speciation in Cereus fernambucensis subsp. and Cereus insularis (Cereeae). 2023. Apresentação de Trabalho/Congresso
Demais tipos de produção bibliográfica (2)
1. AMARAL, D.T.; TAKISHITA, THAÍS KAORI ENOKI ; BONATELLI, I.A.S.. Unraveling the Enchanting Mystery of Fireflies Nature?s Nightlights. 2024. Divulgação
2. AMARAL, DT; TELHE, MILENA C. ; BRITO, M. R. ; BONATELLI, I.A.S.. The Fantastic Story of How Cacti Thrive in the Brazilian Caatinga. 2024. Divulgação

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (1)
1. VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; CARDOSO, M. I. O. ; OLIVEIRA, JÚLIA ; AMARAL, D. T.. BioProtIS ? Plataforma integrada para bioprospecção in silico de proteínas bioativas a partir de dados transcriptômicos e genômicos. 2024.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (1)
1. BONATELLI, I.A.S. ; AMARAL, DT. MINICURSO - MODELAGEM DE DISTRIBUIÇÃO DE ESPÉCIES: CONECTANDO SUSTENTABILIDADE E BIOTECNOLOGIA. 2024. Curso de curta duração ministrado/Outra
Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (4)
1. VICTOR DA SILVA JACYNTHO. Papel do receptor adenosinérgico A2A na inflamação vascular em modelo de lesão renal aguda por isquemia e reperfusão associada a P-cresil sulfato.. Tese (Doutorado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2026.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
2. Graziela Sória Virgens. Bioprospecção in silico e caracterização funcional de novas luciferases e GFPs de organismos marinhos do Atlântico Sul. Tese (Doutorado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2026.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
3. João Alfredo Teodoro. Síntese e caracterização funcional de peptídeos antimicrobianos presentes em três espécies do gênero Cereus para aplicações na saúde humana e agrícola. Tese (Doutorado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2025.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
4. Maria Izadora Oliveira Cardoso. Caracterização bioquímica e in silico de uma proteína de transferência de lipídeo de mandacaru: avaliando alvo terapêutico no tratamento de colesterol. Tese (Doutorado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Dissertação de mestrado (3)
1. Igor José Toledo. Arquitetura metabólica da bioluminescência em Elateridae: um estudo untargeted em Elateridae. Dissertação (Mestrado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2026.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
2. Thaís Caroline Gonçalves. Mineração de Transcriptoma de Coleoptera: Peptídeos Bioativos e Potencial Biotecnológico. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
3. João Roberto Fentanes Machado. O papel dos rios como barreiras na evolução da biodiversidade neotropical - uma abordagem multi-táxon baseada em modelos coalescentes. Dissertação (Mestrado em Ecologia e Evolução) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
  Coorientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (3)
1. Thais Kaori Enoki Takishita. Genética Populacional de Vagalumes na Estação Ecológica da Juréia-Itatins: Avaliação da Variabilidade Genética Interna e Comparação com Populações do Entorno. Iniciação científica (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2025.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
2. Ciro Benevides. Design Computacional de Compostos Inibidores da 5α-Redutase via Deep Learning. Iniciação científica (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
3. Maria Cecilia Oliveira Villela. Elucidação genética e molecular da produção de pigmentos protetores em corais: adaptação à exposição à luz UV. Iniciação científica (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (5)
1. Lara Cardoso Muniz. O PAPEL DA HETEROGENEIDADE DA PAISAGEM NA CONECTIVIDADE DE POPULAÇÕES DA FLORA DE MONTANHAS NEOTROPICAIS.. Dissertação (Mestrado em Ecologia e Evolução) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2026.
  Supervisor: Danilo Trabuco do Amaral.
2. ISABELA DORTA MOLINA HERNANDES. IMPACTO DA LESÃO RENAL AGUDA SOBRE A SINALIZAÇÃO PURINÉRGICA NO TECIDO ADIPOSO PERIVASCULAR (PVAT) DE AORTA. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2026.
  Supervisor: Danilo Trabuco do Amaral.
3. VICTOR DA SILVA JACYNTHO. "Investigação do estado inflamatório vascular em modelo de lesão renal aguda: efeito do P-cresil sulfato sobre a sinalização purinérgica. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2026.
  Supervisor: Danilo Trabuco do Amaral.
4. Graziela Sória Virgens. Detecção Precoce de Melanoma a partir de uma Abordagem Integrada de Aprendizado Profundo e Ensemble Learning. Dissertação (Mestrado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2024.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
5. João Alfredo Teodoro. BIOPROSPECÇÃO IN SILICO DA PLANTA NEOTROPICAL MANDACARU (Cereus) PARA PROPRIEDADES ANTIMICROBIANAS. Dissertação (Mestrado em Biotecnociência) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
  Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (7)

Maria Izadora Oliveira Cardoso. ABORDAGEM IN SILICO PARA PROSPECÇÃO DE PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO À ÁCIDOS GRAXOS EM CEREUS JAMACARU DC. (CEREEAE). (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2025.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Mairá Bonifácio de Souza. Bioprospecção in silico para identificação de proteínas capazes de interagir com cádmio, chumbo e cromo em amostra. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2024.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Móira Bonifácio de Souza. Explorando o potencial biotecnológico de Cereus jamacaru na biorremediação de metais pesados por screening virtual inverso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2024.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
ANA RAYRA TREVISAN MOURA. Diversidade e Função da Microbiota nas Raízes de Cereus jamacaru calcirupicola: Uma Análise Comparativa entre solos e biomas. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2024.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
VICTORIA ALVES PORTO. Análise de Transcriptoma de Câncer de Mama: Uma Comparação entre Populações de Diferentes Ancestralidades. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2024.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Hera Campestre Cruz. CLUSTERS NA LITERATURA CIENTÍFICA: GENÉTICA DA ENDOMETRIOSE. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do ABC, . 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Graziela Sória Virgem. Desenvolvimento de pipeline de screening virtual invertido para identificação de sistemas bioluminescentes. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2022.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Iniciação científica (9)

Júlia de Oliveira. Padronização de protocolos de extração de DNA e amplificação de marcadores para estudos filogenéticos e demográficos em Coleoptera e Diptera na Estação Ecológica de Juréia-Itatins (EEJI). (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2025.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Eduardo Henrique Toral Cortez. Explorando as Potencialidades das Lectinas em Cereus (Cactaceae): Identificação e Avaliação in silico de Biopesticidas para a Agricultura Sustentável. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Julia de Oliveria. Desvendando o mandacaru (Cactaceae): perspectivas inovadoras para o controle de manchas e oleosidade na pele por meio da bioprospecção in silico.. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Ciro benevides. Explorando o conhecimento popular do mandacaru no tratamento de doenças reumáticas: uma abordagem de prospecção in silico.. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Giulia de Oliveira Machado. Bioprospecção das expressões gênicas e vias metabólicas do Mandacaru (Cactaceae) visando doenças do sistema urinário.. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Thais Kaori Enoki Takishita. Iluminando as Profundezas: Desvendando o Potencial das Espécies Bioluminescentes Marinhas na Conservação e Compreensão das Mudanças Climáticas. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Maria Cecilia Oliveira Villela. Bioprospecção Computacional para Identificação de Potenciais Agentes Anticancerígenos da Curcuma.. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Daniel Kenji Matuo. Desvendando o Mecanismo Molecular da Produção de teia e veneno em Orfelia fultoni (Diptera: Keroplatidae): Uma Abordagem in silico a partir de dados de transcriptoma. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Maria Izadora Oliveira Cardoso. Avaliação in silico de Moléculas do Mandacaru (Cereus jamacaru: Cereeae) no Tratamento da Obesidade e Doenças Cardiovasculares: Uma Abordagem de Docking Molecular.. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Orientador: Danilo Trabuco do Amaral.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (2)

2023-2025. Levantamento de organismos bioluminescentes da Estação Ecológica de Juréia-Itatins: biodiversidade, evolução molecular e bioindicador ambiental
Descrição: O Brasil é um dos países mais biodiversos no mundo, sendo a Floresta Atlântica refúgio e berço para diversas espécies. A Estação Ecológica de Juréia-Itatins (EEJI) possui um dos poucos remanescentes de continnum florestal desta formação altamente ameaçada no estado de São Paulo. Assim, a EEJI engloba distintos habitats, de costões rochosos, praias e mangues até importantes bacias de rios estaduais, demonstrando claramente sua relevância para conservação. Logo, o levantamento da biodiversidade local, a compreensão das relações evolutivas e ecológicas das espécies que ocorrem na EEJI são fundamentais para a manutenção adequada da Unidade, sua conservação e uso sustentável de suas riquezas naturais. Apesar de ser reconhecido como um dos principais hotspots de biodiversidade em espécies, a Floresta Atlântica ainda foi pouco explorada quanto à bioluminescência entre espécies terrestres, de água doce, salobra e de mangue. A bioluminescência, emissão de luz fria visível emitida por organismos vivos, é um dos fenômenos biológicos mais intrigantes conhecidos. Ela é resultante de processos bioquímicos observados em vários táxons, desde bactérias até vertebrados, e apresenta importantes papéis biológicos para os mesmos, como defesa, atração de presas e comunicação intra- e interespecífica. Assim, esta proposta de foco interdisciplinar, tem como objetivo realizar o levantamento da diversidade de organismos bioluminescentes terrestres e aquáticos dentro dos limites da EEJI, e realizar estudos filogenéticos e análises populacionais em espécies de Diptera e Coleoptera. Para isso, serão realizadas coletas e observações em campo, assim como o uso de técnicas de biologia molecular e de análises filogenéticas e demográficas. Espera-se com esta proposta, auxiliar os planos de conservação e manejo da EEJI, bem como conhecer melhor nossa fauna bioluminescente, e seu potencial uso como bioindicadores ambientais
Situação: Concluído.
Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1).
Integrantes: Danilo Trabuco do Amaral - Coordenador / ROSA, SP - Integrante / Fernando Faria Franco - Integrante / Anderson Garbuglio de Oliveira - Integrante / BONATELLI, ISABEL A. S. - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro(s): Danilo Trabuco do Amaral.
2023-Atual. Bioprospecção de produtos gênicos e vias metabólicas em mandacaru (Cactaceae) com finalidade biotecnológica: explorando o conhecimento popular usando tecnologias ômicas
Descrição: Este projeto integra genômica, transcriptômica, bioinformática estrutural e biotecnologia experimental para investigar sistematicamente o potencial biotecnológico de espécies do gênero Cereus, com ênfase em Cereus jamacaru, C. hildmannianus e C. fernambucensis, representativas do semiárido brasileiro. Apesar da ampla utilização dessas espécies na medicina tradicional e em sistemas produtivos locais, seus mecanismos moleculares associados a propriedades antimicrobianas e metabólicas permanecem pouco caracterizados em nível genômico e funcional. Essa lacuna limita sua incorporação racional em processos biotecnológicos sustentáveis. O projeto propõe uma abordagem integrada baseada em dados ômicos, anotação funcional, modelagem estrutural e validação experimental por síntese gênica e expressão heteróloga, visando identificar, caracterizar e otimizar proteínas e peptídeos bioativos com potencial aplicação farmacêutica, industrial e ambiental. A estratégia metodológica desenvolvida neste estudo consolida uma plataforma de bioprospecção molecular aplicável a espécies adaptadas a ambientes extremos, contribuindo para a valorização da biodiversidade do semiárido e para o desenvolvimento de produtos biotecnológicos baseados em recursos naturais brasileiros. Além de avançar o conhecimento fundamental sobre a biologia molecular de cactáceas nativas, o projeto fortalece a formação de recursos humanos e estabelece bases para inovação tecnológica em bioprospecção vegetal orientada por dados
Situação: Em andamento.
Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2).
Integrantes: Danilo Trabuco do Amaral - Coordenador / BONATELLI, I.A.S. - Integrante / Fernando Faria Franco - Integrante / Marcus Xavier Senra - Integrante / Milca Lins - Integrante / Tales Costa Silva - Integrante / LIVIA SENO FERREIRA CAMARGO - Integrante / Cristina Ribas Fürstenau - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro(s): Danilo Trabuco do Amaral.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (2)

XXII ISBS. XXII International Symposium of Bioluminescence and Chemiluminescence (ISBC). 2024. (Congresso).
Evolution Meeting 2023. Abiotic Changes and Natural Selection Drive Genomic Differentiation and Rapid Speciation in Cereus fernambucensis subsp. and Cereus insularis (Cereeae). 2023. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (4)

AMARAL, D.T.; FURSTENAU, C. ; BRUMANO, L. ; MATSUDO, M. ; SILVA, T. C. ; REZENDE, J. C. ; LINS, MILCA R. C. R. ; CARREIRA, A. C. ; MONTEZANO, J. M.. IV SEMANA DE BIOTECNOLOGIA DA UFABC. 2025. Outro
LINS, MILCA R. C. R. ; CARREIRA, A. C. ; FURSTENAU, C. ; REZENDE, J. C. ; SILVA, T. C. ; MATSUDO, M. ; AMARAL, DT. III SEMANA DE BIOTECNOLOGIA DA UFABC. 2024. Outro
CARREIRA, A. C. ; AREAS, A. P. M. ; FURSTENAU, C. ; AMARAL, D.T. ; REZENDE, J. C. ; BRUMANO, L. ; LINS, MILCA R. C. R. ; MATSUDO, M. ; SENRA, M. X. ; JESUS, S. ; SILVA, T. C.. II Semana de Biotecnologia da UFABC. 2023. Outro
BRUMANO, L. P. ; SENRA, M. V. X. ; FURSTENAU, C. R. ; ARÊAS, A. P. M. ; AMARAL, D. T. ; LINS, M. R. C. R. ; REZENDE, J. C. ; NISHIYAMA, A. C. O. C. ; SILVA, T. A. C. E. ; MATSUDO, M. C. ; SILVA, M. F. L. ; JESUS, S. S.. I Semana de Biotecnologia da UFABC. 2022. Outro

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (5)

Danilo Trabuco do Amaral ⇔ Marcella Pecora Milazzotto (2.0)
DA FONSECA JUNIOR, ALDCEJAM MARTINS ; ISPADA, JESSICA ; DE LIMA, CAMILA BRUNA ; DO AMARAL, DANILO TRABUCO ; ROSS, PABLO JUAN ; KADARMIDEEN, HAJA N ; Milazzotto, Marcella Pecora. Multiomics integration uncovers metabolic control of H3K27ac in bovine inner cell masses. BIOLOGY OF REPRODUCTION. v. DADE, p. ioaf244, issn: 0006-3363, 2025.[doi]
DE LIMA, CAMILA BRUNA ; DO AMARAL, DANILO TRABUCO ; ISPADA, JÉSSICA ; DOS SANTOS, ÉRIKA CRISTINA ; FONTES, PATRÍCIA KUBO ; NOGUEIRA, MARCELO FÁBIO GOUVEIA ; Milazzotto, Marcella Pecora. Dynamics of transcription is affected by oxygen tension and developmental speed during in vitro production of bovine embryos. REPRODUCTION IN DOMESTIC ANIMALS. v. 59, p. 1, issn: 0936-6768, 2024.[doi]

Danilo Trabuco do Amaral ⇔ Tiago Rodrigues (2.0)
PRADO-SOUZA, LAURA FRANCISCA LEITE DO ; FERRAZ, LETÍCIA SILVA ; CITRANGULO TORTELLI, THARCÍSIO ; RIBEIRO, CÉSAR AUGUSTO JOÃO ; AMARAL, DANILO TRABUCO DO ; ARRUDA, DENISE COSTA ; OLIVEIRA, ÉRICA APARECIDA DE ; CHAMMAS, ROGER ; MARIA-ENGLER, SILVYA STUCHI ; RODRIGUES, TIAGO. Exploiting Paradoxical Activation of Oncogenic MAPK Signaling by Targeting Mitochondria to Sensitize NRAS Mutant-Melanoma to Vemurafenib. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 26, p. 2675, issn: 1422-0067, 2025.[doi]
VIRGENS, GRAZIELA SÓRIA ; TEODORO, JOÃO ALFREDO ; IARUSSI, EMMANUEL ; RODRIGUES, TIAGO ; AMARAL, DANILO TRABUCO. Enhancing and advancements in deep learning for melanoma detection: A comprehensive review. COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE. v. 194, p. 110533, issn: 0010-4825, 2025.[doi]

Danilo Trabuco do Amaral ⇔ César Augusto João Ribeiro (1.0)
PRADO-SOUZA, LAURA FRANCISCA LEITE DO ; FERRAZ, LETÍCIA SILVA ; CITRANGULO TORTELLI, THARCÍSIO ; RIBEIRO, CÉSAR AUGUSTO JOÃO ; AMARAL, DANILO TRABUCO DO ; ARRUDA, DENISE COSTA ; OLIVEIRA, ÉRICA APARECIDA DE ; CHAMMAS, ROGER ; MARIA-ENGLER, SILVYA STUCHI ; RODRIGUES, TIAGO. Exploiting Paradoxical Activation of Oncogenic MAPK Signaling by Targeting Mitochondria to Sensitize NRAS Mutant-Melanoma to Vemurafenib. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 26, p. 2675, issn: 1422-0067, 2025.[doi]

Danilo Trabuco do Amaral ⇔ Marcelo Chuei Matsudo (1.0)
TEODORO, J. A. ; SOUZA, M. B. ; MATSUDO, M. C. ; AMARAL, D. T.. In silico exploration of heavy metal bioremediation using Cereus jamacaru D.C. proteins. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCE AND TECHNOLOGY. v. ., p. ., issn: 1735-2630, 2025.[doi]

Danilo Trabuco do Amaral ⇔ Milca Rachel da Costa Ribeiro Lins (1.0)
FRANCO, RAFAEL A. L. ; BRENNER, GABRIEL ; ZOCCA, VITÓRIA F. B. ; DE PAIVA, GABRIELA B. ; LIMA, RAYANE N. ; RECH, ELIBIO L. ; AMARAL, DANILO T. ; LINS, MILCA R. C. R. ; Pedrolli, Danielle B.. Signal Amplification for Cell-Free Biosensors, an Analog-to-Digital Converter. ACS Synthetic Biology. v. 12, p. 2819-2826, issn: 2161-5063, 2023.[doi]

Data de processamento: 17/05/2026 10:23:09

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